Balai Pendidikan dan Pelatihan Penerbang Banyuwangi ditetapkan sebagai Instansi Pemerintah yang menerapkan Pengelolaan Keuangan Badan Layanan Umum (PK-BLU) setelah memperoleh persetujuan Menteri Keuangan atas dasar usulan Menteri Perhubungan melalui Keputusan Menteri Keuangan Republik Indonesia Nomor: 740/KMK.05/2016 tentang Penetapan Balai Pendidikan dan Pelatihan Penerbang Banyuwangi Pada Kementerian Perhubungan Sebagai Instansi Pemerintah Yang Menerapkan Pengelolaan Keuangan Badan Layanan Umum tanggal 30 September 2016.
Dengan telah ditetapkannya Balai Pendidikan dan Pelatihan Penerbang Banyuwangi sebagai organisasi pemerintah yang menerapkan Pengelolaan Keuangan Badan Layanan Umum (PK-BLU), sehingga organisasi ditata kembali melalui Peraturan Menteri Perhubungan Republik Nomor PM 95 Tahun 2017 tentang Organisasi dan Tata Kerja Balai Pendidikan dan Pelatihan Penerbang Banyuwangi tanggal 26 September 2017.
Seiring dengan pembaharuan pendidikan dan peningkatan kualitas sumber daya manusia di bidang perhubungan yang dilakukan secara terencana, terarah, dan berkesinambungan melalui peningkatan status Balai Pendidikan dan Pelatihan Penerbang Banyuwangi menjadi Akademi Penerbang Indonesia Banyuwangi melalui Peraturan Menteri Perhubungan Republik Indonesia Nomor PM 26 Tahun 2019 tentang Organisasi dan Tata Kerja Akademi Penerbang Indonesia Banyuwangi tanggal 15 April 2019.