Kota Yogyakarta sebagai pusat tarikan kegiatan pariwisata, ekonomi dan pendidikan telah memiliki pengaruh yang berkembang hingga ke aglomerasinya. Kondisi ini menyebabkan bertambahnya demand terhadap kebutuhan pelayanan transportasi. Manajemen sistem transportasi bertujuan meningkatkan efisiensi infrastruktur yang telah ada dan meningkatkan pelayanan dan penggunaan angkutan umum. Manajemen sistem transportasi memastikan berputarnya roda perekonomian namun juga mempertahankan kinerja transportasi. Penelitian ini bertujuan mengetahui kinerja manajemen sistem transportasi perkotaan Yogyakarta eksisting serta merencanakan manajemen sistem transportasi perkotaan Yogyakarta ideal yang dibuat dengan siklus perencanaan berdasarkan bagan alir dari Gray dan Hoel. Siklus ini mengidentifikasi data kinerja, permasalahan dan kesempatan yang ada, biaya, dampak dan prioritas proyek. Metode analisis SWOT dipakai untuk mengidentifikasi permasalahan dan kesempatan dalam siklus perencanaan sebagai dasar penentuan program dan kegiatan selanjutnya. Mixed method menjadi dasar metode dalam penelitian ini yang menggabungkan metode kualitatif dengan kuantitatif. Hasil dari penelitian ini adalah prioritas perencanaan manajemen sistem transportasi Perkotaan Yogyakarta secara berurutan: Rencana Jaringan Transportasi Jalan, Rencana Tata Ruang Perkotaan Yogyakarta, Rencana Sistem Angkutan Umum, Rencana Sistem Angkutan Wisata, Rencana Fasilitasi Perparkiran dan Rencana Pemanfaatan Terminal Giwangan
