Konseling pastoral berbeda dengan konseling pada umumnya. Hal pertama yang membedakan adalah jika konseling pada umumnya di lakukan berdasar pada keterampilan konselor didalam melakukan proses konseling, konseling pastoral dilakukan dengan berdasar dan bersandar pada Roh Kudus dan Firman Tuhan yang dapat merubah konseli. Hal kedua yang membedakan adalah jika konseling pada umumnya dilakukan hanya dengan menggunakan prinsip-prinsip psikilogi , maka pada konseling pastoral terdapat integrasi antara teologi dan psikologi. salah satu prinsip psikologi yang menjadi perdebatan untuk digunakan didalam konseling pastoral adalah hipnoterapi.
Hipnotrrapi adalah aplikasi hipnosis yang dilakukan dengan cara mmbawa individu secara sengaja ke dalam alam bawa sadar melalui proses induksi untuk menggali penyebab permasalahan yang di hadapi, dan kemudian memberikan sugesti untuk menyelesaikan permasalahan tersebut. Aspek pembeda antara kelompok yang mendukung penggunaan hipnoterapi dengan kelompok yang menolak penggunaan hipnoterapi di dalam konseling pastoral ada pada keterkaitang dengan Allah, keilmiahan, dan manfaat hipnoterapi.
