Pengaturan dan pengamanan peti kemas yang baik dan memenuhi aturan pemuatan secara langsung menjamin keselamatan muatan itu sendiri, akan tetapi pada kenyataannya semua hal yang berkaitan dengan pemuatan, pengaturan, dan sistem pengamanan peti kemas diatas kapal terkadang tidak sesuai aturan dan kemampuan kapal, sebagai contoh banyak perusahaan pelayaran di Indonesia yang mempunyai manajemen kurang baik khususnya pada kapal peti kemas memaksakan kapalnya untuk memuat peti kemas lebih dari kemampuan dan konstruksi dari kapal tersebut. Untuk itu penulis mengadakan penelitian tentang penanganan muatan peti kemas di kapal penulis yaitu MV. Tanto Fajar II untuk mengetahui penanganan dan pengaturan muatan peti kemas yang baik dan benar sehingga terwujud keselamatan dalam pelayaran. Dalam penelitian dan pembahasan masalah ditemukan masalah-masalah yaitu ketika pemuatan dan penataan muatan peti kemas, peti kemas yang berada on deck lebih berat jika dibandingkan in hole sehingga mengakibatkan GM menjadi lebih kecil bahkan negatif dapat membahayakan keselamatan dalam pelayaran serta dalam penataan dan penempatan muatan peti kemas tidak tepat di dudukan ponton atau hatchcover kapal sehingga ketika pelayaran muatan tersebut bisa bergeser dan mengakibatkan lashing muatan sering kendor dan bisa berpengaruh pada keselamatan dan keamanan pelayaran. Berdasarkan permasalahan di atas, dapat disimpulkan bahwa dalam penanganan dan pengaturan muatan peti kemas di kapal penulis kurang memperhatikan keselamatan dan keamanan dalam pelayaran. Dari kesimpulan di atas dapat disarankan kepada pihak kapal dan perusahaan untuk penataan muatan yang lebih berat harus d tempatkan in hole agar memperoleh GM positif dengan tujuan untuk mencapai keselamatan pelayaran. Serta melakukan koordinasi yang baik dengan pihak darat dan selalu mengawasi buruh ketika melakukan kegiatan muat di pelabuhan sehingga dalam penataan dan penempatan peti kemas tepat dan sesuai prosedur. Selama pelayaran kondisi lashing muatan harus selalu di check secara periodik dan memastikan lashingan selalu dalam keadaan kencang.
